- Црква Успења Богородице у Чајничу
Најранији сачувани запис о старој чајничкој цркви потиче из 1492. године, када се на Чајничком Прологу помиње име храма и година 1492, што указује да је храм постојао и раније. У рукописној књизи Пролог у којој је дат кратак опис живота светаца, храм се помиње као Чајничка црква Успенија Пресвете Владичице наше Богородице 1492. године. Храм се поново помиње 1804. године када је на њему вршена поправка, затим 1820. године када је у храму почела да ради школа за српску дјецу, и 1837 када је грађена црквена ограда. Храм је страдао од експлозије током Другог свјетског рата између 11. и 12. априла 1943. године, а сачувани су само зидови. Црква је обновљена 1946. године у истим пропорцијама, и 20. јула 1946.
Градња нове и веће цркве почела је 1857. године у периоду када су европске велике силе Уједињено Краљевство, Француска и Русија, вршиле притисак на Османско царство да дозволи вјерске слободе својим грађанима, односно да одобри дозволу за изградњу цркава. Самој изградњи храма претходио је Париски мир 1856. године којим је Турска, на инсистирање других земаља, признала равноправност муслимана и хришћана.
Нову цркву је зидао неимар Петар Тодоровић из Велеса, а изградња је трајала од 1857. до 1863. године. Цркву је освјештао Митрополит дабробосански Игњатије 1863. године. Звоник је накнадно подигнут у периоду (1893-1897) године. За вријеме Другог свјетског рата, Италијани су подметнули експлозив у црквену порту, што је довело до већег оштећења храма. Обнова храма је почела педесетих година двадесетог вијека у вријеме тадашњег пароха јеромонаха Василија Домановића. Обнова храма је трајала до 1959. године, када је на Малу Госпојину освјештао Патријарх српски Герман.
Чајниче је данас најпознатије по чудотворној икони Пресвете Богородице чајничке, познате и под именом „Чајничка Красница“. Ова икона се чува у новом храму на посебном престолу, на сјевероисточној страни, и испред ње непрестано свијетле кандила. Та кандила се, по казивању очевидаца, нису угасила чак ни у вријеме експлозије у Другом свјетском рату када је црква претрпјела велико разарање.
- Синан бегова џамија
Синан бегова џамија у Чајничу је била саграђена 1582.године, а саградио је Синан бег (касније познат као Синан паша) Бољанић који је у историји Босне и Херцеговине уписан као санџак-бег Босанског и Херцеговачког санџака, али и као највећи добротвор Чајнича.Према његовој Вакуфнами из 1582.године, Синан – бег Бољанић је у Чајничу подигао џамију, око које се касније формирала махала прозвана по њему, Синан-пашина махала. Синан-бег је био ожењен Семсом-кадуном, сестром Мехмед-паше Соколовића. Он је умро 1582.године а сахрањен је у турбету крај своје џамије у Чајничу.
Синан бегова џамија је обновљена 2024.године.
- Мир Мухамедова џамија
Осим Синан бегове џамије, у Чајничу су постојале и Хаџи-Велијудинова или (Вреоска) џамија, која је срушена 1959.године и Мир Мухамедова џамија. Мјештани Мир Мухамедову џамију зову Мухамед Мустај-беговом или Дјевојачком џамијом. У литератури је позната и под именима Мехмед-бегова и Мир Мехмед-бегова.). Није познат тачан датум изградње, али судећи по начину изградње, изграђена је на прелазу из XVI на XVII Вијек. Најстарији натписи на џамији су из 1618година, тако да се може предпоставити да је заиста, грађена током овог периода. Џамија је током II свјетског рата била теже оштећена, да би 1967.годинебила извршена реконструкција, а потом 1992.године, почетком рата поново је тешко оштећена. Захваљујући страним хуманитарним организацијама и донаторима средином 2011.године, ова џамије је поново обновљена.
- Црква светог Бенедикта
Црква св. Бенедикта је римокатоличка црква у Чајничу из 1902. године. Филијала је жупе Невесиње. Најисточнија је католичка црква у Мостарско-дувањској бискупији.
Изграђена је 1902. године и преживјела је три рата. Црква је мала, с добром акустиком. Литургијски је активна једном мјесечно.